Seretse Khama è nato il 1º luglio 1921 a Serowe, nell’allora Protettorato britannico del Bechuanaland. È il nipote del re Khama III del popolo Bamangwato. Al bambino era stato imposto il nome “Seretse”, che significa “l’argilla che tiene uniti”, per celebrare la riconciliazione tra il padre e il nonno. La riconciliazione permise a Seretse Khama di salire al trono quando l’anziano padre morì nel 1925, assistito dallo zio Tshekedi Khama che assunse le funzioni di reggente.
Dopo aver frequentato le scuole in Sud Africa fino ad ottenere il baccellierato al Fort Hare University College nel 1944, Khama completò gli studi al Balliol College di Oxford e svolse il praticantato per svolgere la professione di avvocato a Londra.

el giugno 1947 Seretse Khama conosce Ruth Williams, un’impiegata inglese ai Lloyd's di Londra, che sposa l’anno seguente. Il matrimonio misto destò scandalo sia presso il governo sudafricano che aveva appena attuato la politica di apartheid, sia presso gli anziani capi tribù Bamangwato. Una volta informato del matrimonio, Tshekedi Khama richiese l’immediato ritorno di Seretse Khama nelBechuanaland e l’annullamento del matrimonio. Tuttavia, dopo una serie di incontri pubblici con gli anziani capi tribù, Seretse Khama continuò ad essere riconosciuto come sovrano e la moglie, che accompagnava il marito nei suoi viaggi, guadagnò una crescente popolarità. Tshekedi Khama riconobbe la sconfitta e abbandonò il Paese, mentre Seretse Khama fece ritorno a Londra per completare gli studi.
Tuttavia, il Sud Africa che aveva abolito i matrimoni misti durante l’apartheid non poteva tollerare che il leader di un Paese confinante fosse sposato con una bianca. Poiché il Bechuanaland era un protettorato britannico, il governo sudafricano esercitò immediatamente delle pressioni per rimuovere Seretse Khama dalla sua funzione. Il governo britannico si trovava in debito per l’appoggio ottenuto durante la Seconda Guerra Mondiale e non poteva rinunciare alle convenienti forniture sudafricane di oro e uranio: venne così istituita una commissione parlamentare per indagare sulla sua capacità di ricoprire posizioni di governo. Sebbene l’indagine avesse riconosciuto Khama sostanzialmente in grado di esercitare le funzioni, il governo decise nel 1951 l’esilio di Seretse Khama e della moglie dalBechuanaland; l’esilio divenne permanente nell’anno successivo. Il governo inoltre dispose inoltre l’insabbiamento della relazione della commissione d’indagine, che venne resa pubblica trent’anni dopo.
La decisione del governo britannico suscitò l’immediata protesta in tutto il mondo di gruppi nazionalisti, comunisti e per la difesa deidiritti umani: la sentenza veniva considerata la prova del razzismo britannico. Nel 1956 il governo permise a Seretse e a Ruth Khama di fare ritorno nel Bechuanaland.
Nel 1961 Seretse Khama torna sulla scena politica fondando il Partito Democratico del Bechuanaland (BDP), di ispirazionenazionalista. L’esilio aveva contribuito a rafforzarne la credibilità presso l’elettorato di orientamento indipendentista. Nel 1965 il BDP domina le elezioni, travolgendo i partiti socialista e pan-africanista e Seretse Khama diventa Primo Ministro con una piattaforma programmatica indipendentista. Nel 1965 viene varata una nuova costituzione e il 30 settembre 1966 il Paese ottiene l’indipendenza sotto la presidenza di Seretse Khama.
Al momento dell’indipendenza, il Botswana era uno dei più poveri Paesi del mondo. Poiché il governo non riusciva a far fronte alle spese con le entrate fiscali, il Paese era fortemente indebitato con il Regno Unito. Gli aggressivi governi bianchi insediati nei confinanti Sud Africa e Rhodesia facevano presagire che il Botswana sarebbe diventato un loro stato satellite.
Seretse Khama mise in atto un vigoroso programma di riforme teso a trasformare il Paese in un’economia orientata alle esportazioni, in particolare di carne, rame e diamanti. Nel 1967 la scoperta dell’enorme giacimento di diamanti di Orapa ha facilitato l’attuazione del programma. Tra il 1966 e il 1980 il Botswana ha sperimentato una delle più rapide crescite economiche del mondo, reinvestendo i profitti delle esportazioni in infrastrutture, in sanità e nel sistema educativo, gettando così le basi per una crescita duratura. Seretse Khamaha inoltre istituito una severa normativa contro la corruzione, uno dei principali problemi che hanno afflitto i Paesi africani dopo l’indipendenza.
Per quanto riguarda la politica estera, Seretse Khama ha rifiutato ai movimenti di liberazione del Sud Africa e della Rhodesia di usare il Paese come base per le loro operazioni di guerriglia. Tuttavia, ha permesso ai gruppi indipendentisti di transitare attraverso il Paese per raggiungere lo Zambia, esponendosi alle rappresaglie dei vicini. Poco prima di morire, ha rivestito un ruolo di primo piano nei negoziati tra le parti in lotta nella guerra civile della Rhodesia, che hanno dato origine alla creazione dello Stato indipendente dello Zimbabwe.
Seretse Khama rimase in carica sino alla morte per tumore al pancreas nel 1980. Il potere venne assunto secondo il dettato costituzionale dal Vicepresidente Quett Masire. Seretse Khama è sepolto nel cimitero di famiglia su una collina di Serowe.